Suster-suster Kongregasi Cinta kasih Santo Carolus Borromeus yang berpusat di Maastricht ( Belanda) hadir di Timor Leste sejak tahun 1979 atas undangan Mgr. Martino Lopez Da Cruz ( Uskup Keuskupan Dili) yang melihat keprihatinan dan kebutuhan masyarakat setempat untuk karya pelayanan di bidang pendidikan. Semangat, karisma dan visi misi yang diwariskan oleh Bunda Elisabeth pendiri kongregasi dan pelindung kongregasi santo Carolus Borromeus menjadi semangat dasar yang ditanamkan di lembaga pendidikan São Carlos. Lembaga pendidikan yang khusus mendidik generasi anak-anak usia dini pada pendidikan dasar 9 tahun di Timor Leste. Pertengahan bulan Juni 1980 dimulai karya pelayaan untuk TK dan Play Group. Dalam perjalanan waktu TK São Carlos berkembang dalam jumlah murid dan kualitasnya serta harapan orangtua
untuk kelanjutan pendidikan putra-putrinya ke jenjang pendidikan selanjutnya. Setelah bertatap muka dengan Kementerian Pendidikan Timor Leste dan mendapat arahan serta dukungan untuk mengembangkan pendidikan dasar di Timor Leste maka sekolah yang masih baru berumur 2 tahun resmi berdiri tgl 6 Januari 2015 dengan nama Ensino Básico Ciclo São Carlos dan masih bernaung di bawah Yayasan St. Paulus.
Sekolah ini mempunyai tujuan untuk mendidik generasi anak-anak usia dini agar menjadi generasi muda yang berkepribadian utuh yaitu berwatak baik, beriman, jujur, bersikap adil, cerdas, mandiri, kreatif, terampil, berbudi pekerti luhur, berwawasan kebangsaan dan digerakkan oleh kasih Allah yang berbela rasa terhadap manusia, terutama mereka yang miskin, tersisih dan menderita sejalan dengan semangat visi misi kongregasi.
Dari waktu ke waktu TK São Carlos terus berkembang baik dari sisi kualitas maupun kuantitas. Kepercayaan masyarakat terhadap sekolah terus meningkat sehingga semakin banyak orangtua yang menyekolahkan anaknya di San Carlos.
Jumlah murid yang mencapai 320 peserta didik. Permintaan para orang tua murid untuk mengembangkan karya ke jenjang pendidikan dasar semakin kuat.
Sehingga para suster berkonsultasi dengan Kementerian Pendidikan Timor Leste dan mendapat arahan serta dukungan untuk mengembangkan pendidikan dasar di Timor Leste.
Maka pada tgl 6 Januari 2015 dimulailah sekolah dasar dengan nama Sao Carlos dengan jumlah siswa awal 63 akhirnya menjadi 60 siswa yang dibagi menjadi 2 kelas. Meskipun baru berusia satu tahun, kepercayaan masyarakat sudah mulai terasa. Hal ini dapat dilihat ketika diadakan pertemuan orangtua murid kelas satu maupun calon orang tua murid kelas satu. Mereka menyatakan puas atas apa yang dilakukan oleh para suster dalam pendidikan di Sao Carlos. Banyak orangtua percaya akan kualitas pendidikan Sao Carlos yang dikelola oleh para suster CB. Itulah sebabnya setelah dibuka SD Sao Carlos sebagian besar murid TK Sao Carlos melanjutkan ke SD Sao Carlos.
Memasuki tahun kedua , jumlah murid baru kelas satu tahun pelajaran 2016 meningkat. Murid kelas satu tahun 2015 berjumlah 60 siswa, sedangkan murid tahun pelajaran 2016 berjumlah 70 siswa. Minat masyarakat semakin meningkat. Hal ini terlihat bukan hanya dari meningkatnya jumlah siswa tahun pelajaran 2016 namun juga dari banyaknya calon siswa yang ditolak karena ruangan sangat terbatas. SD Sao carlos hanya bisa menerima siswa paling banyak dua kelas. SD Sao Carlos masih bernaung di bawah Yayasan St. Paulus. Pada waktu penerimaan siswa tahun kedua masih menggunakan gedung TK Sao Carlos, karena bangunan SD sedang dibangun. Dan sebagai kepala sekolah SD yang baru Sr. Thereseta CB menggantikan Sr. Anunsita CB yang mendapat perutusan baru. Sr. Thereseta menjadi kepala sekolah Januari sampai Juni 2016, Juli 2016 dilanjutkan oleh Sr. Imelda CB sampai Juni 2024, kemudian dilanjutkan oleh Sr. Yesina samapai saat ini.
Sekolah Sao Carlos Dili Timor Leste saat ini telah berkembang hingga Sekolah Menengah atas. Sekolah S